Spektriviivojen etsintä mitatusta datasta
Netistä tuli vastaan spektrin piikkien (ja laaksojen) etsintään algoritmi, joka pohjautuu hömölogiaan ... minusta hyvä ... (persistent hömölogy) (
sanassa kuuluu olla o kirjaimet, mutta tää foorumi sensuroi jos niitä käyttää:). Ala (hömölogia) on saanut 90-luvulta alkaen paljon huomiota, kaiketi koska erilaisia muotoja ja niissä esiintyviä samankaltaisuuksia pitäisi pystyä käsittelemään hallitummin matemaattisesti ja ohjelmallisesti.
Juttua esimerkiksi täällä:
https://www.sthu.org/research/publicati ... /Hub20.pdf
Tein testiohjelman, löysin aidon spektrometrillä mitatun tiedoston (numeerista dataa), ja etsitin mun ohjelmalla spektriviivojen paikkoja:
Testiohjelma löysi 31 "piikkiä" kuvan käyrästä, joista annoin piirtää vain 10 merkittävintä graafille.
Kun käyrässä on kohinaa, niin piikkejähän syntyy!
Ohjelman mielestä merkittävimmat piikit on:
- 394nm Persistence: 1,797693e+308 (korkein huippu ja persistence on ohjelman double muuttujan max arvo)
- 721nm Persistence: 1,64 Oikean puolen huippu
- 400nm Persistence: 0,287 2. korkein huippu
- 387nm Persistence: 0,236 3. korkein huippu
- 405nm Persistence: 0,076 4. korkein huippu
- 391nm Persistence: 0,063 Mahdollisesti kohinaa 3. ja 1. huipun välissä
- 658nm Persistence: 0,043 Oikean puolen matalampi huippu
- 729nm Persistence: 0,014 Mahdollisesti kohinaa
- 724nm Persistence: 0,013 Mahdollisesti kohinaa
- 732nm Persistence: 0,007 Mahdollisesti kohinaa
Nyt kun sensoridataa saa melkoisen hyvin jo tasoitettua mediaanisuotimella, ilman että tärkeät piikit katoaa, ja piikit löytyy algoritmisesti, niin seuraava ongelma on keksiä tapa, jolla rajoittaa merkittävien piikkien määrää, ennen kuin piikkien kanssa aletaan etsimään tietokannasta yhteensopivuuksia eri alkuaineiden spektriviivojen kanssa.
Tuo (persistent hömölogy) algoritmi on hyvä, koska se myös arvottaa piikit itsepäisyyden (persistent) mukaan. Kun piikit sorttaa järjestykseen, saa itsepintaisimmat heti taulukon alusta. Mutta montako on syytä ottaa alkuaineden piikkitaulukosta hakuun (sequence alignment).
Menin tilaamaan Saksasta hilan (grating)
Jos tekis ensimmäisen spektrometrin askarrellen:)
Ajattelin leikellä pahvista kännykkään kameran eteen ulokkeen, johon saa tuon halvan hilan:). Raon teen partakoneen teristä, joiden terävät reunat käsittelee valoaaltoja siististi.
En sortunut CD-levyn leikkelyyn, enkä puhvista tehtyyn rakoon, mitkä on spektrometria-alalla alarvoisiksi tuomittuja:)
Joltain sivulta löysin pdf kuvan, jonka tulostamalla saa leikkelyä ja liimausta vaille valmiin kännykän optiikkaosan rungon.
Eihän tuollaisella tarkkaa kuvaa saa (jo kameran takia), mutta pääsen kokeilemaan kuitenkin jotain.